海底建筑的金属梁柱发出不堪重负的呻吟，林小羽在剧烈的震动中踉跄前行，八音盒底部新弹出的卡槽硌得她掌心生疼。她望着远处汤姆和杰克与克隆体 “omega” 对峙的身影，零号的数据锁链已经变得若隐若现，心中涌起强烈的不安。“不能让他们白白牺牲。” 她咬着牙，钢笔在满是裂痕的地面划出痕迹，试图寻找莉莉亚日记中提到的 “时间锚点稳定器”。
张晨被气浪掀翻在墙角，拍立得残骸在撞击中迸出最后一道闪光，拍下了令人心悸的画面 ——“omega” 的指尖触碰到巨型齿轮的瞬间，整个建筑的时间流速彻底失控。他看见老水手杰克的白发在几秒内变得漆黑，又迅速灰白；汤姆的脸上皱纹如蛛网般蔓延，转瞬又恢复年轻。这种诡异的变化让他胃部翻涌，烧伤的手臂传来撕裂般的疼痛，提醒他必须尽快行动。
“小羽！” 少年挣扎着爬起，朝着林小羽的方向大喊，却被突然袭来的银色锁链缠住脚踝。他抬头，正对上 “omega” 冰冷的紫色瞳孔，对方眼中闪烁的数据流与银色面具人如出一辙。“你们以为人类的反抗有意义？” 克隆体的声音不带一丝感情，“从陈玉华创造出初代克隆体开始，这个世界就该被重启。”
林小羽在废墟中发现了莉莉亚父亲的日记残页，泛黄的纸页上用鲜血写着：“稳定器藏在... 齿轮阴影处。” 她的零号项链突然剧烈震动，指引她望向巨型齿轮的基座。那里有个被碎石掩埋的凹槽，形状与八音盒底部的卡槽完美契合。就在她奋力搬动石块时，机械表碎片传来陈默的意识波动，带着前所未有的急切：“小心！‘omega’在吸收地核能量！”
老水手杰克的匕首狠狠刺向 “omega”，却在触及对方皮肤的瞬间熔成铁水。老人望着自己颤抖的手，想起了十年前 “深海号” 上的惨剧 —— 那些被改造成实验品的同伴，临终前绝望的眼神。“我不会再让你们得逞！” 他嘶吼着扑上去，却被克隆体轻易甩飞。杰克重重撞在墙壁上，咳出的鲜血滴落在地面，竟诡异地逆流回口中。
大副汤姆趁机启动了藏在体内的微型时间冻结装置，这是他作为 “时间囚徒” 最后的底牌。周围的一切瞬间静止，只有他能缓慢移动。他冲向 “omega”，想要将其固定在原地，却发现克隆体的身体表面泛起紫色护盾，抵消了装置的效果。“为什么... 为什么连这个都没用？” 汤姆的声音带着绝望，他看着自己的皮肤以肉眼可见的速度衰老，知道这短暂的冻结耗尽了他全部生命力。
林小羽终于将八音盒嵌入齿轮基座的凹槽，八音盒表面的基因纹路与基座产生共鸣，释放出银色的光芒。“omega” 似乎察觉到威胁，转身朝她发射紫色光束。千钧一发之际，零号仅剩的数据光点化作盾牌挡在她身前：“哥，小羽，启动稳定器需要... 你们的记忆！”
张晨奋力挣断银色锁链，冲向林小羽。他的脑海中闪过与伙伴们的点点滴滴：东京铁塔上的并肩作战，伦敦天文台的生死与共，还有零号消散前的笑容。“零号，我们来了！” 少年的声音哽咽，将手按在八音盒上。林小羽也将手覆上，她想起母亲的教诲，想起陈默的守护，记忆如潮水般涌入八音盒。
八音盒发出悠扬的旋律，与海底建筑的震动频率产生共振。“omega” 的动作明显迟缓，他的紫色瞳孔中闪过一丝困惑：“这不可能... 人类的记忆怎么可能...” 他的话被突然响起的齿轮咬合声打断，巨型齿轮开始逆向旋转，吸收的地核能量被逐渐释放。
在能量的冲击下，“omega” 的身体开始出现裂痕，他的意识中涌出大量记忆碎片 —— 有陈玉华在实验室的身影，有零号在培养舱中的哭喊，还有他自己作为 “最终容器” 被创造的全过程。“原来... 我只是个工具。” 克隆体的声音第一次带上了感情，他望向林小羽和张晨，“帮我... 停止这一切。”
零号的数据光点与 “omega” 的意识产生共鸣，在光芒中凝聚成半透明的人形。“哥，小羽，我找到关闭时间熔炉的方法了！” 零号的声音带着释然，“但需要有人...” 他的话未说完，海底建筑传来更加剧烈的震动，巨型齿轮即将崩溃。
林小羽和张晨对视一眼，同时点头。他们将金色齿轮与八音盒结合，启动了最后的程序。在耀眼的光芒中，“omega” 的身体化作无数银色光点，融入巨型齿轮。零号的意识也逐渐消散，他最后的笑容定格在林小羽的记忆中：“记得... 去找马里亚纳海沟...”
当一切归于平静，海底建筑开始下沉。林小羽在废墟中找到莉莉亚的十字架，将它与八音盒一起收好。张晨扶起虚弱的汤姆和杰克，四人望向逐渐闭合的巨型齿轮 —— 在齿轮的缝隙中，隐约可见一个发光的盒子，形状与陈玉华全息影像中提到的 “最终秘密” 一模一样。
而在遥远的海面之上，一艘印着三叶草标志的潜艇正在悄然靠近，潜艇的指挥舱内，一个戴着银色面具的身影转动着怀表，表盘上的裂痕中渗出诡异的紫色光芒：“有趣，真是有趣。陈玉华的孩子们，我们很快会再见面的。”
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